Già durante gli ultimi anni del suo insegnamento e dopo la sua morte, il complesso delle dottrine filosofiche e teologiche di san Tommaso d'Aquino, chiamato "tomismo", suscitò aspre e violente polemiche, poiché le tesi aristoteliche in esso contenute erano, all'epoca, giudicate pericolose per il dogma.
Nel XVII secolo, poi, fu nuovamente al centro delle critiche per queste due sue opere sull'alchimia, da alcuni studiosi addirittura dichiarate non autentiche.
Come poteva – dicevano – un santo, un genio prestar fede all'alchimia che molti consideravano "opera del demonio" o quanto meno una fantasticheria?
È certo, invece, che San Tommaso conobbe l'alchimia, non soltanto perché fu discepolo di Alberto Magno, ma anche perché nel XIII secolo era una delle scienze più esatte – studiata come l'aritmetica, la cosmologia, la fisica e la musica – era la "chimica" dell'epoca e faceva parte del patrimonio scientifico di ogni uomo veramente erudito. E Tommaso non la condannava affatto ma insegnava che essa, lungi dal poter trasmutare la materia, cambiarne la natura intima, fabbricando, per esempio, l'oro, poteva però modificarne i cosiddetti "accidenti", le specie.