Il Maestro e Margherita è un romanzo fanta-satirico pubblicato dalla moglie ventisei anni dopo la sua morte, nel 1966, che gli ha garantito l'immortalità critica. Il libro fu disponibile clandestinamente, come samizdat ("sam "+ "izdat" - "autopubblicato", Vladimir Bukovsky lo definì come "Io stesso lo creo, lo modifico, lo censuro, lo pubblico, lo distribuisco e [posso] essere imprigionato per questo"), per molti anni nell'Unione Sovietica, prima della serializzazione di una versione censurata nella rivista Moskva. Un manoscritto distrutto del Maestro è un elemento importante della trama, e infatti Bulgakov ha dovuto riscrivere il romanzo a memoria dopo aver bruciato la bozza del manoscritto con le sue stesse mani.
Il romanzo è una critica a più livelli della società sovietica in generale e del suo establishment letterario in particolare. Inizia con Satana che visita Mosca negli anni Venti o Trenta e si unisce alla conversazione di un critico e di un poeta, impegnati a discutere dell'esistenza di Gesù Cristo e del Diavolo.
Il romanzo si evolve poi in un'accusa a tutto campo della corruzione, dell'avidità, della ristrettezza di vedute e della paranoia diffusa della Russia sovietica. Vietato ma molto letto, il romanzo ha assicurato a Bulgakov un posto di rilievo nel pantheon dei grandi scrittori russi.