Dans les égouts de New York vivent quatre Tortues bien particulières... Leo, Raph, Mikey et Donnie ont toujours vécu sous terre avec Splinter, leur père adoptif, mais les adolescents rêvent de découvrir le monde des humains. Et le jour où ils font la rencontre d'April O'Neil, voilà les quatre frères lancés à la poursuite d'un mystérieux criminel et de sa bande de super-méchants... super-mutants !