《明清史講義》全書共分四編，前兩編為《明史》，後兩編為《清史》。《明史》始於開國，至南明，並涉及李自成、張獻忠和建州兵事。《清史》也始於開國，至鹹同而終。該書對於兩代政治大事和人物活動皆有深刻觀察，超越前人，並澄清了明清史研究中的許多疑點。此講義至今被明清史研究者視為指南針。

第一編為《總論》。第一章探討《明史》在史學上的位置；第二章闡述《明史》體例，附有明代系統表；第三章講解《清史》在史學上的地位；第四章從角度深入掌握了清代種族和世系、八旗制度考察。

第二編《各論》分為七章。第一章敘述開國之事；第二章談及靖難之役；第三章說明瞭奪門之變；第四章闡述了議禮之爭；第五章詳細描述了萬曆年間的荒淫無度；第六章則從天、崇兩朝亂亡事件探索歷史教訓，並對李自成、張獻忠以及建州兵事進行了分析；第七章則描述了南明時期的顛沛流離。

《清史》第一編為《總論》，包括第一章關於《清史》在史學上的地位、第二章解釋《清史》的體例、第三章關於清代種族及世系的考察、第四章研究了八旗制度的實際問題。第二編又分為五章，論及開國、鞏固國基、全盛、嘉、道守文、鹹同轉危為安等方面。

《明清史講義》堪稱是明清史研究的經典之作，其所載具有豐富的歷史資料和深刻的思想洞見，讓讀者對於中國明清時期的政治、經濟、社會、文化、外交等方面有更加深入的認識和理解。該書是中國歷史研究一個重要的里程碑，為後世的研究提供了不可替代的史料和思想資源。