El enigma del lagarto alado es una novela negra atípica: el protagonista, investigador de una sucesión de asesinatos y suicidios, es un científico. En su mente lucha la realidad física contra hechos paranormales, inaceptables para su formación pero innegables para él por haber sido testigo de ellos.
​La historia gira alrededor de la miniatura de un ser mítico, lagarto alado de oro con ojos de rubí, convertido en llavero. Se inicia con su primer dueño, marino negrero ejecutado por pirata, y el secreto de un tesoro que pasa de generación en generación entre sus descendientes.
¿Dónde está el tesoro? ¿Cómo se accede a él? Una muerte accidental con sospechas de asesinato rompe la cadena de transmisión del secreto. El disgusto por esa muerte hace perder la cabeza a quien aún podría conocer las claves.
Xavier Alcalá da voz a un tataranieto del negrero, niño travieso, aventurero y fantasioso que de mayor será investigador científico. Su narración transcurre entre tiempos del franquismo más duro –de postguerra y guerrilla activa– y final de la dictadura. Con los años, su mente aguda va atando cabos y deduciendo relaciones entre los personajes de un mundo cerrado, el del pazo señorial de la familia.
El protagonista nunca se libra de sospechas e intrigas, ni cuando emigra para trabajar con proyectos secretos en plena Guerra Fría. En la sucesión de sorpresas que lo acompañan hasta lejos de sus orígenes actúan los poderes de videntes y servicios secretos, gracias a los cuales avanza hacia el descubrimiento del enigma que lo persigue.
Al final lo revela, con epílogo que da pie a un nuevo enigma.