本课题主要从以下六个层次着重分析地方政府间跨区域合作治理行政制度的创新路径：一是行政机构设置层面。主要包括建立区域性地方政府联盟、地方性公共事务管理局、综合性政绩考核制度、多元性评估体系等。 二是联席会议制度层面。主要从基本概念、存在问题和原因以及创新路径角度分析不具有行政隶属关系的地方政府或职能部门，通过行政首长或部门领导的定期或不定期会晤，商讨区域合作中面临的重大问题，并在平等协商的基础上达成相关的合作协议，如何以解决跨区域合作治理过程中遇到的问题。三是利益协调机制层面。主要分析跨区域治理中地方政府间利益协调机制的概念、形式和类型，影响因素以及利益形成机制、利益补偿机制，利益分享机制和利益约束机制方面的建构路径；四是行政运行机制层面。主要包括建立信息交互机制，危机应对机制、评价考核机制，吸纳退出机制、行为约束机制等。五是行政制度环境层面。主要包括选择多样化区域治理模式，建立区域合作公约，签订府际服务契约，设立区域共同发展基金，构建地方公共组织网络关系等。六是行政制度主体层面。主要包括树立可持续发展的区域合作观和区域共赢理念，制定统一的区域战略合作规划，实施"和而不同"的区域整合政策，加强地方政府人力资源建设等。