人民调解协议司法确认程序是法院探索司法实践所创设的一项新生制度，宏观上，程序设计的理念性原则一直缺少必要的关注，未得到有效梳理。微观上，在技术操作层面，程序主管不明，有待立法进一步明确。在启动程序主体上，当事人双方共同申请提起程序的机制，在司法实践因难度大而受到严苛的限制。程序的流畅运作尚需创设新的申请主体。