故事以宏大的篇幅刻画明朝中期太医萧星师探求医药真理，考证百草的传奇前半生。萧星师受父影响，从小博览医药群书，众采百草，精研方剂，担起亡父未完之志。在义兄引荐下，成为宫中御医，后渐对宫廷争斗及征战心灰意冷，加上眷恋之人离世，决心辞行离宫，踏遍神洲，考证百药，因遇天灾，失去踪迹。全书时间跨度四十年，涉及方药方剂百种以上。主要以明朝成化年为背景，描绘了整个成化年间复杂的宫廷纠纷和社会人物风情图。