Als wäre es nicht schon stressig genug für Fuyuki sich auf der neuen Schule zurechtzufinden, hat er es obendrein ja noch mit dem froschähnlichen Außerirdischen und seinen Welteroberungsplänen zutun, die er in seiner Dachkammer ausbrütet. Gerade als Fuyuki denkt er hat Sgt. Frog im Griff, tauchen plötzlich weitere Mitglieder seiner ehemaligen Einheit auf und nicht alle sind davon begeistert, wie Sgt. Keroro die Invasion von Pokopen bis jetzt vorbereitet hat. Als der Waffen liebende Corporal Giroro erkennt, das aus seinem vorgesetzten Offizier ein verwöhntes Weichei geworden ist, will er es wissen! Wird es der besessene Corporal Giroro schaffen, das Kommando über die Mission zu übernehmen?