大正100年、浅草の街では女学校に通う少女たちが襲われ失踪するという事件が起きていた。
そんなある日、蔵前女学校に通う15歳の望月彩音は白装束の女が連れた巨大な狗に襲われる。彩音の窮地を救ったのは猫耳の少女を連れた如月藤花という魔女だった。藤花は浅草六区にある西洋式電影遊技場の地下に棲み、昼間は魔術を用いて遊技場を動かしている。これもすべて魔女の罪人として過去の"ある罪"を贖うためだという。彩音は藤花の邸に招かれ怪我の治療を受けるが、施された治療のため彼女の中に眠っていた魔術の《器》となる力が目覚めてしまう。
彩音は師匠となった藤花のもと、魔女の見習いである《魔術少女（まじゅつおとめ）》となり、両性具有の使い魔・皐月を従え連続少女失踪事件の解決をめざすのだった。しかし、偶然に出会ったはずの藤花と彩音の間には、ある因縁が隠されていた...。