Nella prima Età moderna, di conserva al processo di secolarizzazione, s'afferma una ragione di Stato cattolica decisa a far valere le antiche prerogative di potere della Chiesa. Ne scaturisce una conflittualità ben esemplificata dalle vicende che interessano la Repubblica di Genova, la cui ragione di Stato è minata dagli incerti confini con l'ostile Ducato di Savoia e dalle spossanti trattative attorno alla designazione dei presuli, fra i principali esponenti della ragione di Stato cattolica sul territorio.