कैदी नंबर 100 एक प्रतिभाशाली छात्रा संगीता की कहानी है। लेकिन वह इतने निर्धन परिवार से है कि किसी अच्छे कालेज में अध्ययन नहीं कर सकती। परंतु प्रोफसेर दिवाकर उसकी योग्यता को पहचान लेता है। संगीता को उच्च शिक्षा के लिए विदेश भेजने हेतु प्रोफेसर को चोरी भी करनी पड़ती है। गुरु और शिष्या के पवित्र रिश्ते पर लोग उँगलियाँ उठाते हैं, लेकिन ऐसा क्या होता है कि जब संगीता नए नाम नीलम से एक महान वैज्ञानिक बन जाती है तो उसे अपने ही पति की हत्या करनी पड़ती है और एक और नई पहचान मिलती है कैदी नंबर 100 और प्रोफेसर दिवाकर भी क्यों एक घोर अपराधी बन जाता है, जो कैदी नंबर 100 का अपहरण कर इस महान वैज्ञानिक से ऐसी दवाई ईजाद करवाना चाहता है, जिसके प्रयोग से वह सारी दुनिया को कोढ़ी बनाना चाहता है।