Sir Topham Hatt envía a Thomas a trabajar en la construcción del nuevo ramal entre el puerto de Arlesburgh y Harwick como castigo por ir demasiado rápido y hacer que sus vagones se salieran de las vías. Allí Thomas descubre una gigantesca cueva subterránea donde hay un antiguo barco pirata. Pero no es el único que sabe de la existencia del barco: un misterioso marinero vigila la cueva, convencido de que hay un tesoro en el barco y está dispuesto a lo que sea por encontrarlo. ¿Será cierto que el barco pirata esconde un tesoro? ¿Quién lo encontrará primero? ¡Sube al tren y averígualo!