Após os eventos dos Impérios do Vidro e da Era do Terceiro Arcon, Populla's Shadow segue as façanhas dos campeões do Grande Continente; procurando salvar o mundo dos espíritos da destruição. O continente está em turbulência e novas forças estão surgindo para reivindicar suas reivindicações. O Tratado de Molina é quebrado e o Terceiro Arcon é morto. Assim, o continente entra em um novo período de sombra, que trará destruição para todos. Celoferania, acompanhada por alguns aliados confiáveis, se infiltrará no território do Cisne Branco e seguirá para a antiga cidade montanhosa de Molina.