Após os eventos dos Impérios do Vidro e da Era do Terceiro Arcon, Populla's Shadow segue as façanhas dos campeões do Grande Continente; procurando salvar o mundo dos espíritos da destruição. O continente está em turbulência e novas forças estão surgindo para reivindicar suas reivindicações. O Tratado de Molina é quebrado e o Terceiro Arcon é morto. Assim, o continente entra em um novo período de sombra, que trará destruição para todos. O destino do continente está com um punhado de agentes, que sabem a verdade sobre a situação, e aqueles que causam tanta turbulência. Eles terão sucesso ou falharão? Com os cinco companheiros agora separados, dois embarcarão para as florestas do norte; onde eles continuarão a luta contra o Cisne Branco e os espíritos da destruição.