全书分为四个部分：第一部分的手迹主要反映陈云在1949年以前的革命生涯包括他在商务印书馆当学徒、走上革命道路、领导农民暴动等内容；第二部分的手迹主要反映了陈云在1949年以后改革开放之前关心和参加新中国各项事业建设，包括领导经济战线的工作、关心国家基本建设、关注军队建设等内容；第三部的手迹主要反映了陈云在改革开放新时期关心国家各项事业发展，包括关心文化、农业等工作，呼吁提拔青年干部，怀念毛泽东、刘少奇等老战友，提倡保护环境等内容；第四部分的手迹带有总结性质，所反映内容贯穿了陈云的一生，包括重视调查研究、面对逆境不妥协、提倡不断学习等内容。此外，每幅手迹的故事具有一定的时间跨度，再加上很多手迹书写的时间并不是与所反映的事件一一对应，因此，经与中共中央文献研究室的专家商定，本书的隔页不取标题，也不用时间段加以注明。书稿篇章的排列顺序，以手迹所反映事件的时间为序。