Traumatisée après ses aventures sur l'île de Yamatai, Lara Croft tente de retrouver une vie normale. C'est alors qu'elle apprend que sa meilleure amie, Sam, est dans le coma. Mais les ennuis ne font que commencer : en effet, il semblerait que Himiko, la déesse du Soleil, ait pris possession de Sam.

Lara est prête à tout pour la sauver, quitte à se lancer dans une quête impossible afin de dénicher un artefact magique disparu depuis des millénaires : la mythique Toison d'Or. Toutefois, elle est loin d'être la seule à chercher cet objet mystérieux soi-disant capable de guérir tous les maux...

Commence alors une véritable course contre le temps... mais aussi contre trois nouveaux ennemis : un infâme magnat, une organisation secrète, et dix mille combattants immortels, tous à la recherche de la Toison !