Roma, outrora poderosa, jaz em ruínas. A cidade está impregnada de sofrimento e degradação, os seus cidadãos vivem sob a sombra da impiedosa família dos Bórgia. Apenas um homem poderá libertar o povo da tirania Bórgia: Ezio Auditore, o Mestre Assassino. A demanda de Ezio irá testá-lo até aos seus limites. César Bórgia, um homem mais malévolo e perigoso que o seu pai, o Papa, não descansará enquanto não tiver conquistado Itália. Nestes tempos tão traiçoeiros, a conspiração está por todo o lado, até no meio da própria Irmandade...