Il Trattato della peste (1714) è l'opera di Muratori che ha conosciuto più edizioni, fino agli anni Trenta del XIX secolo. Da allora in poi non ha più circolato in forma integrale. Qui è presentata a partire dalla seconda edizione (Modena, 1722), curata dallo stesso Muratori.
Il libro è uno spaccato di vita sociale di Ancien régime, un esempio impressionante di aggiornata erudizione medica, una gustosa raccolta di ricette e di pratiche antipestilenziali, una ricca esposizione di problemi di diritto canonico. Ma soprattutto è esempio di un approccio alla politica operoso, sobrio e pratico, che fonda la propria razionalità sul concorde governo sia civile sia ecclesiastico dei corpi individuali e collettivi di una società storicamente e concretamente strutturata, sostenuta nel proprio ordine tanto dal Principe e dai suoi magistrati, quanto da Dio e dalla Gerarchia.
La peste è quindi il rovescio dell'ordine civile, il contrario della pubblica felicità, ma non è la verità ultima delle cose umane. Non ci sono in Muratori né il nichilismo barocco né l'ottimismo illuministico: la peste non è un'eccezione dissolvitrice ma un'emergenza, un triste accadimento possibile, a cui far fronte con la scienza, con la prudenza civile, col coraggio, con la fede, e con tecniche che nella loro praticità organizzativa e psicologica ricordano da vicino le nostre recenti esperienze.