Alors que Yûki plonge plus profondément dans la mémoire de Kaname, elle réalise combien souffre son ami. Si cela déstabilise la jeune vampiresse, le retour de Zero complique encore plus la situation. Suite à la disparition de Kaname, la société vampire a sombré dans le chaos. Tandis que les nobles sont à sa recherche, certaines créatures de la nuit se laissent aller à leurs pires instincts. Pour protéger les enfants humains, Yûki décide de collaborer avec la guilde et réussit à convaincre humains et vampires de la nécessité de rouvrir la Night Class de l'Académie Cross.