Un an après la grande bataille de l'Académie Cross, l'équilibre est compromis entre les vampires et les humains. Devant ce bouleversement sans précédent, la Guilde prend des mesures aussi inattendues que lourdes de conséquences. De leur côté, Kaname et Yûki se cachent toujours, et Yûki a bien du mal à s'habituer à sa nouvelle nature de vampire.