En 1925, la célèbre pirate scientifique Janni Nemo s'est rendue aux confins gelés de l'Antarctique afin de se confronter au souvenir pesant de son père. Nous sommes maintenant en 1941 et, lorsque la reine des pirates apprend que ses proches sont retenus prisonniers à Berlin, elle n'a d'autre choix que de conduire son Nautilus au cœur de la métropole. Dans les entrailles de cette ville maléfique, elle devra faire face à des monstres, des criminels et des légendes, dont les derniers "héros de l'ombre".