Glass Heart est une adolescente entraînée à tuer par l'organisation criminelle taïwanaise Zheng Dao. Lorsqu'elle tente de se suicider, ses employeurs la sauvent en lui greffant le coeur de Kaori Makimura, l'ancienne partenaire de City Hunter tragiquement décédée. Revenue à la vie, Glass Heart s'enfuit et, guidée par les souvenirs de Kaori, elle se rend à Shinjuku pour retrouver Ryo. Quelle sera l'issue de leur rencontre ?