La última de las guerras civiles colombianas, con la que se cerró el siglo XIX e inició el XX, la más larga y sangrienta de todas, arrastró en su vorágine de destrucción y muerte a los liberales y a los conservadores panameños: Así, el Istmo fuera escenario geográfico de los cruentos altibajos de La guerra de los mil días (1899-1902).
Fue una sangrienta guerra civil, fratricida, anárquica, caótica, en la cual grupos armados del Partido Liberal se alzaron casi que simultáneamente en distintas ciudades y departamentos colombianos, atacando las respectivas guarniciones militares del gobierno conservador. Estas últimas, diseminadas por todo el territorio nacional, respondieron, cada una, a los alzamientos liberales que se les enfrentaron.
Toda Colombia, incluyendo a Panamá, tenía unos cinco millones de habitantes. Esa guerra civil costó la vida a más de sesenta mil colombianos (entre ellos, más de cinco mil muertos panameños y considerable número de heridos).
Las persecuciones, los asesinatos, las depredaciones de los dos bandos beligerantes, la destrucción y los horrores de esa guerra, también se dieron en suelo panameño y entre hombres nacidos en el solar del Istmo.
Pero no hay duda de que ella abonó, con otras fuerzas históricas no menos importantes, la secesión de 1903, razón por la cual puede considerarse, legítimamente, que La Guerra de los Mil Días es uno de los sucesos históricos panameños de trascendencia, en el inicio del siglo XX. Y es, con toda exactitud, el que abre la historia panameña del mismo.
Estados Unidos aprovechó la coyuntura geopolítica y de para satisfacer su apetito imperial, impulsó la traición de los ahora llamados "patriotas panameños". Como resultado de esa perfidia, Colombia perdió el punto geoestratégico más importante del planeta en los siglos venideros.