Entre Jason Bourne et Léonid Arkadine, le combat se poursuit et devient plus féroce. Gravement blessé au cours d'une embuscade, Bourne fait croire à sa mort et disparaît sans laisser de traces. Lorsqu'il refait surface, c'est sous une autre identité, et bien décidé à découvrir celui qui veut sa mort.
L'enquête de Bourne se transforme alors en une course contre le temps, car un conflit gronde et menace d'éclater...