Lorsque Jason Bourne apprend que son ami Martin Lindros, directeur adjoint de la CIA parti en Ethiopie pour enquêter sur des activités nucléaires suspectes, a été enlevé, il décide de faire tout son possible pour le retrouver. Mais Jason Bourne va devoir affronter un groupe de terroristes islamistes, qui s'est infiltré au sein des services secrets américains et a programmé une attaque massive contre les Etats-Unis. Le chef des terroristes, qui a des comptes à régler avec l'agent Bourne, a prévu de se servir de lui pour mettre en œuvre son plan diabolique...