De retour d'Indonésie où il a échappé de peu à la mort, Bourne doit tenter de résoudre une nouvelle énigme, celle d'étranges anneaux aux inscriptions codées. Luttant avec les restes de sa mémoire, traqué par de mystérieux agents, il doit retrouver la vérité et percer à jour une société secrète. Son rival, Arkadine, a quant à lui une autre pièce du puzzle entre les mains : un ordinateur volé, convoité par la CIA...
Dans un jeu de courses-poursuites et d'enquêtes, les fils de l'intrigue se tissent pour former une seule et même toile qui rassemblera les deux agents entraînés par Treadstone. Bourne et Arkadine n'ont pas suivi le même programme, et désormais la question est de savoir qui est le plus puissant des deux...