Des torpilles s'échappent de Fort Boyard ! Pour percer ce nouveau mystère, Jérôme et Émilie rendent visite à leur ami Mathias, le seul habitant du Fort. Trouvant porte close, ils décident de pénétrer dans l'enceinte par le laboratoire sous-marin. En tenue de plongée, ils surprennent deux intrus à l'intérieur du Fort. Ils ne sont pas au bout de leurs surprises...