Mathias, le seul habitant de Fort-Boyard, a déclenché une nouvelle catastrophe. Il alerte ses amis Jérôme et Émilie et les entraîne dans un souterrain qui vient de s'effondrer en révélant la présence d'un fabuleux bateau pirate !
Les jumeaux explorent le vaisseau, une frégate armée tout droit surgie du passé. Puis ils reviennent sur les lieux avec leur cousine Capucine. Mais celle-ci est enlevée par un véritable pirate écumeur des mers, Jean Lafitte, tandis que des intrus investissent le Fort...