È un'amicizia nata tra i banchi di scuola quella tra Gustav e Anton, in una piccola cittadina svizzera che ha accolto molti ebrei in fuga durante la Seconda guerra mondiale. Orfano di padre e unico compagno di una madre incattivita da cupi risentimenti, Gustav è un bambino di indole docile che trova in Anton e nella sua famiglia un nucleo affettivo capace di addolcire la quotidianità di un'infanzia senza innocenza. Geniale musicista, Anton sin da fanciullo mostra un'inclinazione autolesionista che lo consuma dall'interno. Per lui l'amico è un sostegno incrollabile, eppure non gli chiede mai nulla in cambio. Gli sviluppi imprevisti della loro relazione condizioneranno le vite di entrambi e quelle delle persone che gli sono vicine. Gustav Sonata è un canto all'imperfezione e alla rilevanza degli opposti nella condizione umana, la storia di un amore inespresso e di relazioni condannate.