Las plagas que afectan a plantas o animales se previenen y destruyen con los plaguicidas. El objetivo de estas sustancias es evitar que se ponga en riesgo la producción, el almacenaje, el transporte y el comercio de alimentos y productos agrícolas. En agricultura, se utilizan los denominados plaguicidas fitosanitarios, que tienen efectos favorables en la producción vegetal, siempre y cuando se usen de forma adecuada y se eviten efectos perjudiciales, como la presencia de residuos, tanto en el medio ambiente como en los alimentos. Un sistema "inteligente" permite aplicar a cada cultivo la cantidad justa de plaguicidas y evitar así accesos innecesarios. La presencia de plaguicidas en alimentos debe minimizarse tanto como sea posible para que no se superen unos máximos establecidos y, de este modo, proteger la salud de los consumidores. Los diferentes operadores alimentarios, es decir, agricultores, ganaderos, comerciantes e importadores, entre otros, son los principales responsables de la seguridad a lo largo de la cadena alimentaria. Las empresas deben asegurarse de que, en todas las fases de la producción, la transformación y la distribución que están bajo su control, los alimentos cumplan los requisitos de legislación.

Los métodos para aplicar fitosanitarios en vegetales son varios, y dependen del vehículo que soporta el plaguicida, que puede ser sólido, líquido o gaseoso.

Espolvorear: consiste en distribuir en forma de polvo y aplicar con la ayuda de una corriente de aire. Este método penetra mejor en el vegetal y tiene una ejecución mas rápida. Sin embargo, la protección es menor y la distribución, poco homogénea.

Pulverizar: los plaguicidas se distribuyen en forma líquida y se quedan en los vegetales en pequeñas gotas. Para la pulverización, es importante el lugar que se tratará, la cantidad y clase de producto, ya sea un plaguicida, un fertilizante o un fitoregulador. Esta técnica permite una mayor homogeneidad al vegetal, pero supone una inversión superior de tiempo.

El tratamiento con fitosanitarios lo debe realizar personal cualificado para evitar riesgos innecesarios. Además, debe utilizar un equipo de protección individual adecuado y controlar las condiciones climáticas antes y después de la ejecución. Al finalizar el tratamiento, deben lavarse todos los utensilios, desechar los envases vacíos, limpiar las protecciones utilizadas y guardar en un lugar seguro.