Embarqués à bord d'un ballon dirigeable pour échapper au siège Sudiste de Richmond lors de la guerre de Sécession, cinq compagnons font naufrage sur une île déserte. L'ingénieur Cyrus Smith et son domestique Nab, le journaliste Gédéon Spilett et le marin Bonaventure Pencroff accompagné du jeune Harbert vont devoir tenter de survivre sur cette terre abandonnée. Mais sont-ils vraiment seuls ? Une présence invisible semble veiller sur eux et les sortir des plus mauvais pas...