לפני שלושים שנים, כשבֶּנחָמין צ'אפָּרו עבד כמזכיר משפטי בלשכת התובע המחוזי, הגיע למשרדו תיק אונס ורצח מזעזע שהוא אינו מסוגל לשכוח. עכשיו, אחרי שפרש וכשחלק ניכר מחייו כבר מאחוריו, הוא מתפנה לספר על אותו מקרה ועל הסתעפויותיו הבלתי צפויות, כשברקע מרחפת אהבתו החשאית לעמיתתו לעבודה, דוקטור אירנה הוֹרנוֹס, המותירה אותו לכוד בין תשוקה לשתיקה. הסוד שבעיניים הוא סיפור המתרחש בשנות השישים והשבעים בארגנטינה, השוקעת בהדרגה באלימות הפוליטית של "שלטון הגנרלים". התפקיד הראשי בו שמור לגברים שבעיניהם החיפוש אחר האמת הוא ייעוד, הזיכרון הוא גורל, והנאמנות היא אורח חיים שאפילו הזמן, המרחק והמוות אינם יכולים לו.