בצד ההישגים הצבאיים גרמה מלחמת ששת הימים לשינוי אופיו של הסכסוך הישראלי ערבי, שהפך מסכסוך על פלסטין לסכסוך על ריבונותן, שלמותן הטריטוריאלית וכבודן הלאומי של מצרים, סוריה וירדן. מיד עם סיומה הוחל במאמץ מדיני אינטנסיבי לפתור את הסכסוך, שהיו מעורבות בו ארבע המעצמות ובראשן ארצות הברית. אולם הניסיונות כשלו על רקע תביעת מדינות ערב לנסיגת צה"ל מהשטחים כתנאי מקדים לכל התקדמות. כתוצאה מכך החליטה מצרים לפתוח במלחמה מוגבלת במטרה להתיש את ישראל, מלחמה שנמשכה כמעט שנה וחצי, ונודעה כמלחמת ההתשה. היתה זו המלחמה הראשונה של ישראל שלא פגעה בשגרה של העורף, אך במהלכה נפלו חללים כמעט מדי יום ביומו, ובניגוד לתחושת הכוח ולאופוריה שאחזו בישראל לאחר מלחמת ששת הימים, היא נוכחה לדעת – אף כי לא הפנימה – שהמצרים אינם כה חלשים כפי שדימתה, ואין בידה פתרונות פלא לכל אתגר צבאי או מדיני העומד בפניה. היתה זו מלחמה שלקראת סיומה התגלו בקיעים ראשונים בהסכמה הלאומית, בקיעים שהפסקת האש דחקה לפינה, אך הם שבו והתחדשו לאחר מלחמת יום הכיפורים ונמשכים מאז ועד היום.