Entre 1720 y 1790 los indios de Perú y Bolivia, a veces acompañados por castas o blancos disidentes, se levantaron más de cien veces contra las autoridades coloniales. De ellos, se destacaron dos hechos:
La rebelión iniciada en 1742 encabezada por Juan Santos Atahualpa, autoproclamado descendiente de los incas, que anunciaba la inminente reconquista del reino del Perú. Se basaba en guerrillas en la selva.
La guerra civil entre 1780 y 1782 en las sierras del sur del Perú y Bolivia (corazón económico y político de la colonia), protagonizada por Túpac Amaru, kuraka moderadamente rico de Cusco, que también se proclamó descendiente del inca y liberador de la opresión colonial. Esta guerra dejó unos 100 mil muertos sobre una población de 1.200.000 personas.
Los alzamientos se originaron en la resistencia a las medidas modernizantes impulsadas por Carlos III.