《Why? 갯벌》에서 주인공 꼼지와 엄지는 한 박사와 민수와 함께 갯벌 탐사선 '코빅호'를 타고 갯벌 여행을 떠나고, 갯벌을 탐사하면서 거기 살고 있는 생물과 갯벌의 소중함을 배우게 된다. 갯벌에서 살고 있는 조개, 게, 새, 식물 등과 아울러, 한 번 메우면 두번 다시 되살릴 수 없는 갯벌의 소중함을 함께 배울 수 있다.