科学と竜の力が共存する世界。竜機士を育成する軍学校に通う少年・クロウは、ある日突然、異常事態に遭遇する。空を覆うオーロラの下、大人たちが突如、劣等世代とみなされていた「16歳」の少年少女を虐殺し始めたのだ。学内随一の戦闘力を持ちながらも、反抗的態度から落伍者扱いされていたクロウは、混乱の中、同じく16歳の王国の姫・ルティエと出会い、軍の浮走艦を奪取。仲間とともに謎の敵と戦いつつ、一団を結成し空に旅立つ......！　若き竜機士たちが「世界」を取り戻すべく牙を剥く、反逆の英雄譚！