La formazione della Chiesa come istituzione corre parallela a quella del cristianesimo come religione. Verso la fine del II secolo, infatti, è ormai attestata l'esistenza di un'istituzione che comprende una costellazione di Chiese locali disseminate nel bacino del Mediterraneo, tra cui spiccano Roma, Alessandria e Antiochia. Incentrate sulle figure dei vescovi, dotati di ampi poteri di governo e assistiti da presbiteri e diaconi, le Chiese locali comunicano tra di loro attraverso la corrispondenza e si coordinano mediante sinodi che decidono in merito a questioni importanti. Dotate di un canone di scritti rivelati – le Scritture ebraiche, rilette come Antico Testamento, e il corpus degli scritti del Nuovo – posseggono forme di liturgia e culto comuni. Alla fine del II secolo si può dunque parlare dell'esistenza, oltre che della «grande Chiesa» come istituzione, di una vera e propria religione cristiana, distinta dalla sua matrice giudaica, che ha una chiara base sociale, è strutturata istituzionalmente, ha proprie credenze, pratiche e testi normativi, i caratteri fondamentali che definiscono una religione.