Depuis les événements qui ont changé le monde il y a déjà deux ans, l'humanité fait face à une Intelligence Artificielle qui semble avoir pris le contrôle de tous les systèmes. Mickaël Surasnes, Alpha (le robot originel), Frank et Raphaël sont introuvables tandis que la résistance s'organise pour lutter contre un ennemi complexe, dirigé par un mystérieux organisme. Un voyage sans retour s'engage alors que l'espoir s'effrite face à un adversaire sans faiblesse... L'Apocalypse marque la fin de la trilogie.