未來的世界，人類人口僅存兩億，人類為了生死存亡，被迫與新種族「海族」戰鬥。

主人公王陸是「諾亞軍校」最為優秀的技師，經常研發各種創新的「作戰義肢」，幫助戰士們在戰力上取得強大提升。一日，海族們突然向諾亞軍校發動進攻，戰士們與海族作戰後，為避免威脅，只得遷息地點，到達新福爾摩沙市。不料，遷移之後沒多久的時間，海族竟然又來到新福爾摩沙市追殺諾亞軍校。

與王陸同組之一的戰士李問，發現遷移前後竟然都有著相同的一位海族作為對手，更加疑心在軍校之內是否有人與海族通敵，在收到愛慕王陸的助手飄蘭請求後，自行去尋找暫時在戰場上消失的王陸，結果發現，原來王陸正是與海族通敵的叛徒，並且發生衝突。

王陸再度回到諾亞軍校後，設局將另一名疑心自己是叛徒的戰士凱文困住，並且刻意引導諾亞軍校到達「海神紀元」的區域。因行蹤曝露，王陸不得不啟用自身特殊的超能力，與戰士們週旋，並且強制鎖定軍校的移動路線。

王陸使出所有力量擊倒前來捕捉的所有戰士之後，意欲破壞諾亞軍校的推進器，卻不料飄蘭竟然對他攻擊，受到重傷後，王陸沉入了海中。

軍校對王陸的行為與目的感到疑惑之時，得知了原本王陸設定的位置是在於「海神紀元」的範圍，開始攻擊「海神紀元」，引發了海神們的反擊。就在軍校即將沉淪之前，海神們莫名停下攻勢，飄蘭察覺有異，決心朝王陸落海的地方跳下。

經過海神們的解釋，原來「海神紀元」是可以讓人類重生，並且成為遠恆不滅的「海神」之地，王陸的一切作為，俱是打算讓諾亞軍校方面重生成為海神。

故事的背景，是在未來，王陸是作戰義肢的一流技師，行跡卻正邪難辨，究竟他的目的是為了什麼？