Militantes clandestinos expone la experiencia de la Comisión Militar (COMIL) como organización autónoma del Partido Guatemalteco del Trabajo (PGT). La creación de dicha Comisión, en febrero de 1976, respondió a la exigencia de la militancia para impulsar la guerra revolucionaria popular. Su desarrollo político y militar generó contradicciones internas o recrudecieron las ya existentes, lo cual precipitó su escisión del Comité Central y sus miembros buscaron conformar el nuevo partido comunista de Guatemala, bajo el nombre de Partido Guatemalteco del Trabajo-Partido Comunista (PGT-PC). La obra narra, en términos generales, una parte de la historia de este partido comunista, y en lo particular la historia de una organización político-militar que apuntaba a transformar la realidad desde la clandestinidad. Además de exponer su devenir histórico, se muestran las manifestaciones culturales que materializaron su trabajo político y la interpretación que se hizo de ellas. Finalmente, presenta la cadena de detenciones que sufrió la organización después de la caída de Carlos Humberto Quinteros García (Miguel o el Hombre Lobo), mismas que se registraron en el documento conocido como Diario militar.