Nel Giappone del sedicesimo secolo, l'erede della casata Oda riceve dal padre una missione impossibile: unificare il paese. Nobunaga però continua a vivere da scapestrato, senza curarsene, finché gli intrighi del fratello e la minaccia di nemici esterni lo costringono a difendersi. Diventato famoso grazie all'inaspettata vittoria riportata contro gli Imagawa, Nobunaga poco a poco si immedesima con il compito che gli tocca. Oltre a diventare uno stratega eccezionale deve però costringersi a essere sempre più spietato, estirpando dal proprio animo ogni traccia di umanità.
Nel frattempo, nell'Italia della Controriforma, Alessandro Valignano viene avviato agli studi dal padre, un nobile abruzzese. L'amore per Francesca, un'apprendista cortigiana di Venezia, lo travolge in complicazioni che lo fanno finire in carcere. Carlo Borromeo interviene a liberarlo, ma la condizione è che Alessandro entri in un ordine religioso: la Compagnia di Gesù.
L'uomo del Rinascimento e il samurai s'incamminano verso un incontro che cambierà il destino di entrambi oltre che dei cristiani giapponesi, sempre più numerosi in un paese ancora dilaniato dalla guerra.