يعالج هذا التقرير بالرصد والتحليل الأوضاع الفلسطينية الداخلية، والمشهد الإسرائيلي، والعدوان الصهيوني على الأرض والإنسان، ومسار التسوية، كما يناقش المؤشرات السكانية الفلسطينية، والأوضاع الاقتصادية في الضفة الغربية وقطاع غزة، ويُغطّي التقرير المواقف العربية والإسلامية والدولية من القضية الفلسطينية، وقد أفرد فصلًا جديدًا حول الأرض والمقدسات، كما أفرد فصلًا خاصًّا عن العدوان الإسرائيلي على حزب الله ولبنان، وقد شارك في كتابة التقرير لسنة 2006م نخبة مكونة من أحد عشر خبيرًا؛ من أبرز الباحثين والمتخصصين في الشأن الفلسطيني، وتمت الاستفادة من ملاحظات الأساتذة الكبار مستشاري التقرير، ثم قام المحرر بمعاونة فريق من باحثي المركز بتحرير الفصول، وتجهيزها في شكلها النهائي، وإضافة الرسوم البيانية والصور التوضيحية، ويحاول التقرير أن يرصد المسار الرئيس للأحداث خلال سنة 2006م؛ وهو لا يشغل نفسه بالتفاصيل، ولكنه يسعى لتقديم صورة متوازنة؛ تجمع بين المعلومات التي ترسم الصور الكلية للسنة، وبين التحليل والرؤى التي تلتقط حركة الأحداث، وتربط بينها، وتحاول تحديد اتجاهاتها، وقد اهتم التقرير بالتزام مواصفات البحث العلمي؛ وخصوصًا من ناحية الكتابة الموضوعية والتوثيق الأكاديمي، وبالطبع تدرك إدارة المركز حساسية عدد من الموضوعات المطروحة، واختلاف وجهات النظر حولها؛ لكنها تؤكد أن التقرير قد كُتب دون أي مواقف مسبقة تجاه أحد؛ وأن المشاركين لم تحكمهم سوى أمانتهم العلمية، وموضوعيتهم، والتزامهم الصادق بعدالة قضية فلسطين، وقضايا أمتهم؛ وجاء التقرير مقسما على تسعة فصول؛ تناولت الوضع الفلسطيني الداخلي: سنة التغيير والحصار، والمشهد الإسرائيلي الفلسطيني: سنة الارتباك وخلط الأوراق، والحرب الإسرائيلية ضد حزب الله ولبنان، والقضية الفلسطينية والعالم العربي، والقضية الفلسطينية والعالم الإسلامي، والقضية الفلسطينية والوضع الدولي، والأرض والمقدسات، والمؤشرات السكانية الفلسطينية، وأخيرا الوضع الاقتصادي في الضفة الغربية وقطاع غزة.