Auf Anordnung des Präsidenten der Devon Corporation, Mr. Trumm, beginnt die Absorbierung der Lebensenergie von Pokémon! Doch die Beteiligten werden von Amalia angegriffen, die ebendies zu verhindern trachtet. Während die Auseinandersetzung zwischen Devon und den Meteoranern zunehmend heftiger wird, treten Anhänger von Team Magma und Team Aqua in Erscheinung, die eigene Pläne zu verfolgen scheinen. Tag X naht unaufhaltsam: Wem wird es gelingen, die Vernichtung des Planeten aufzuhalten...?