Datasystemet Ghost Shell har hamnat i fel händer. Det är dessutom inte helt färdigutvecklat och risken finns att systemet kommer säljas till högstbjudande terroristorganisation så fort det är klart. Agenten Sawyer Branson har fått i uppdrag att stoppa fienden och förhindra en katastrof. Till sin hjälp har han ett forskarteam med snillet Megan Fuller i spetsen, som jobbar dygnet runt för att skapa ett motmedel mot Ghost Shell. Men efter flera bakslag står det klart att någon i teamet saboterar arbetet, och snart hotas Megan till livet. Sawyer får fullt upp med att skydda henne och se till så att hon får arbetsro. Alltmedan fienden kommer närmare ...