Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog vluchten vijf krijgsgevangenen van de belegering van Richmond, Virginia, door een ballon te kapen. Een zware storm blaast hen ver weg. Na een aantal dagen naar weer en wind gevaren te hebben, landen ze op een onbekend vulkanisch eiland ergens in de Stille Zuidzee. Met behulp van Smith's vindingrijkheid kunnen ze zich aanpassen zodat ze kunnen overleven op het eiland, dat ze Lincoln Island noemen, naar hun president. Naast het bouwen van een zeewaardig vaartuig, kunnen ze ook hun geografische positie bepalen - ongeveer 2.500 kilometer ten oosten van Nieuw-Zeeland. 'Het geheimzinnige eiland' - in het Frans 'L'Île mystérieuse' - dateert uit 1874 en kan worden opgevat als een voortzetting van zowel 'Twintigduizend mijlen onder zee' als 'De kinderen van kapitein Grant'.