Lyra och Bon Bon är bästa vänner. Lyra vet att Bon Bon har levt ett mystiskt liv innan hon kom till Ponyville. En kväll knackar det på dörren till Bon Bons stugan när Lyra är där, och hon dras in i Bon Bons hemliga liv!Bon Bon trodde att hennes gamla liv var över, och blir förfärad när både hon och hennes kära vän dras in i ett hemligt uppdrag. För att inte förlora sin vän Lyra för alltid måste Lyra bli en del av Bon Bons gamla liv. Kommer de kunna avvärja hotet mot Equestria, och kan deras vänskap överleva en sådan prövning? I My Little Pony: Friendship is Magic följer vi den nyblivna magiska prinsessan Twilight Sparkle och hennes vänner Spike, Pinkie Pie, Applejack, Rarity, Rainbow Dash och Fluttershy på deras äventyr i Equestria.