Con l'affermazione che il magistero della Chiesa non è al di sopra della Sacra Scrittura, ma al suo servizio, la Riforma protestante accende un dibattito che ha conseguenze sull'intero cristianesimo occidentale e sulla cultura europea della prima età moderna. Lo sforzo di procedere nel solco della teologia medievale, il vigoroso tentativo umanistico di privilegiare la Bibbia alle cerimonie e ai riti esteriori e l'applicazione pratica del principio del sola scriptura come unica fonte della rivelazione e norma della fede non sono tuttavia né semplici né pacifici. Se in campo cattolico questo tema diviene la prima questione teologica di peso affrontata al Concilio di Trento, con dibattiti accesi e prolungati, in ambito protestante si verifica un processo di identificazione tra Scrittura e Parola di Dio che produce l'effetto di considerare la Bibbia un libro ispirato persino nell'apparato di vocalizzazione del testo ebraico. L'insolita «battaglia delle vocali» che ne deriva scuote le Chiese riformate per oltre mezzo secolo e mostra i limiti e la grandezza del protestantesimo del Seicento nel mezzo di una transizione epocale dall'aristotelismo al cartesianesimo.