いわゆる｢建武の中興｣とよばれる新政権の成立とともに、護良親王と足利尊氏の対立が表面化する。公家らと、倒幕運動に参加した武士階級との利害の対立が原因であった。この争いは尊氏の勝利に終り、後醍醐天皇は吉野に行宮をかまえて、南北朝時代という天皇並立時代が現出する。両者の対立は新田義貞と尊氏の、武士の棟梁権をめぐる争いに発展し、まず湊川の合戦で楠木正成が戦死する。のち義貞も都へ還れぬままに無惨な死をとげ、吉野山中で後醍醐天皇も崩御する。高師直の北朝軍は四条縄手の合戦で楠木正行の南朝軍を破り、正行は弟と刺し違えて果てた。