ひょんなことから戦国時代にタイムスリップした高校生・高杉一郎太。仲間であり恋心を抱く少女"麗"と現代に戻る鍵の巫女"十六夜（いざよい）"の行方を追うため、京を揺るがす魔物"鬼火猩々"事件の解決に臨んでいた。しかし、事件に巻き込まれ行方不明となってしまう麗。
一郎太は、事件の調査を進めるうちに、麗によく似た仮面の女騎士"雅"と左大臣"近衛信輔"と出会う。
魔物調査と並行して、雅の正体を探る一郎太。一行は、とある事件に巻き込まれ雅に助けられた際、彼女の素顔を見て、雅が麗であると確信する。
雅に詰め寄る一郎太だったが、同行する近衛信輔は「雅が何らかの原因で記憶をなくしている」と言い、さらに「雅を正室に迎える」意向があることを告げるのだった!!　麗は記憶を取り戻すのか？　鬼火猩々の正体と事件に隠された真相と黒幕とは!?
【京の光る魔物事件　後編】